گروهی از جنگجویان قهرمان در «مورتال کامبت: نابودی» تنها شش روز فرصت دارند تا سیاره زمین را نجات دهند. برای موفقیت، آن‌ها باید از تماشایی‌ترین سری چالش‌هایی که تا به حال یک انسان یا خدا با آن روبرو شده است جان سالم به در ببرند، در حالی که با یک فرمانروای شرور که قصد تسخیر زمین را دارد مبارزه می‌کنند.

مجری یک برنامه گفتگوی شبانه، نقشه‌ای پیچیده برای نجات برنامه لغو شده‌اش و انتقام از خیانت همسرش طراحی می‌کند و در این مسیر، مجموعه‌ای از افراد مختلف هالیوود را درگیر ماجرا می‌کند.

دو مامور سی‌آی‌ای برای حل یک پرونده آدم‌ربایی برجسته به بخارست در رومانی اعزام می‌شوند. اما آنچه آن‌ها کشف می‌کنند چیزی غیرقابل توضیح است: یک گرگویل شیطانی که گمان می‌رفت مرده و برای همیشه تبعید شده است، برای انتقام بازگشته است.

قهرمان سرسخت مارول پس از تبعید خودخواسته در یوکان از زمان پایان جنگ سرد، بازمی‌گردد تا با تهدید هیدرا مبارزه کند. فرزندان رهبر سابق هیدرا، بارون فون استراکر، هدایت این سازمان تروریستی را بر عهده گرفته‌اند. تحت رهبری دختر شرور او، وایپر، هیدرا به یک ویروس مرگبار دست یافته و آمریکا را به نابودی تهدید می‌کند.